极其艰苦的东北抗日战争环境，使得一些革命队伍中的一部分人对抗战的前途产生了怀疑和动摇，尤其是日本全面侵华开始，日寇长驱直入，也让一部分人对中国抗战的前途失去了信心，加之日伪当局大搞心理战，分化瓦解、金钱利诱、封官许愿，还有的经不住肉体折磨，成了民族的软骨头，投敌叛国，堕落成可耻的叛徒。1938年6月29日，东北抗联第一军第一师师长程斌叛变，之前第一军军需处长胡国臣、参谋长安光勋、柳河县委书记冯剑英等人叛变，使抗联第一路军的抗日斗争形势发生了急度逆转，这些人太熟悉抗联，并掌握第一路军的高层秘密和密营及抗联的战略战术、兵力分布、活动区域，这对第一军来说是致命一击。此时，第一路军高级干部会议正在辑安（集安）的老岭召开，程斌叛变的消息传来，打乱了会议计划。7月中旬，在老岭召开了中共南满省委和第一路军总部紧急会议，即第二次“老岭会议”。决定取消西征计划，放弃辽东游击区，转移长白山深处，改变第一路军设两个军的编制，成立总司令部，设一个警卫旅和三个方面军。杨靖宇任总司令，魏拯民任副总司令，杨俊恒任参谋长。警卫旅旅长方振声，政委韩仁和。第一方面军指挥曹亚范，第二方面军指挥金日成，第三方面军指挥陈翰章。总兵力1400余人。部队改编决定虽然下达了，但由于以师或团为单位分散各处游击，行踪不定，通讯隔绝，无法收拢集结，整编工作只能由杨靖宇率领的军部与直属部队在运动战中完成，所以到1938年11月完成第二方面军的改编，1939年7月才完成第三方面军的改编。

此间，抗联第一路军的作战与生存环境恶劣到了极限，日伪组织了4万之众死死盯住杨靖宇的军部。1939年10月1日，在桦甸县头道溜河召开了中共南满省委和抗联第一路军联席会议，决定部队化整为零，分散活动，再缩小目标，利于迂迴。此后日寇对抗联第一路军活动区域在归村并屯的基础上，实施了“分区定点”讨伐，用“篦梳战术“踩踏战术”“狗蝇子战术”咬住不放，地毯式清除。组织了“富林工作队”“程斌讨伐队”“唐振东讨伐大队”“长岛工作班”等特务组织，抗联密营几乎被全部捣毁，后勤装备诸如被服厂、医院等也被破坏，加之极酷严寒的天气，抗联部队日夜在战斗中，粮食、棉衣、医疗根本无法保障，甚至连烘烤湿棉衣的时间都没有，不少抗联战士在睡着后就冻死了，部队减员严重。此期间战斗极为频繁，据日伪档案披露，仅1939年下半年，抗联第一路军与日伪战斗276次，其中167次是抗联主动出击。

从1933年杨靖宇率领磐石儿女渡过辉发河南下到1940年前后，从磐石走出去的东北抗联第一军主要将领大部牺牲：满洲省委常委金伯阳、东北人民革命军第一师师长李红光、继任师长韩浩、参谋长李敏焕、三团政委朴元灿、第一军参谋长朴翰宗、军需处长马占元、第二师师长曹国安、第三师政委周建华、参谋长李松波、军军需部长韩震、第一师五团团长李明海、六团政委王世奎、中共南满省委组织部长李东光、省委委员纪儒林、桓仁县委书记傅世昌、东北抗联第一军政治部主任宋铁岩、第三师政治部主任柳万熙、东北抗联第一路军总司令部参谋兼警卫旅政委韩仁和、警卫旅一团团长兼政委黄海峰等相继牺牲，鲜血永远地洒在了南满抗日战场上。

2015年国家分两批公布了900名抗日英烈，其中从磐石走出去有16名。

1940年1月，第一路军警卫旅一团参谋丁守龙叛变，把杨靖宇率领的军部仅剩的一点秘密也泄露了。1940年2月1日，抗联警卫队机枪连长张秀峰投敌。1940年2月15日，中华苏维埃共和国第二届中央执行委员会委员、中共七大准备委员会成员、东北抗联第一路军总司令杨靖宇在濛江县壮烈殉国，年仅36岁。

东北抗联第一路军的三个方面军余部继续在各自区域坚持抗日斗争，后相继进入苏联。1941年7月，第一路军少年铁血队政委王传圣等5人最后进入苏联。

    磐石中心县委在杨靖宇率领东北人民革命军独立师南下后，在中共南满特委成立前一直领导着南满地区的抗日斗争。1934年12月李东光调任南满特委书记后，产生了第四届中心县委，书记金昌根。磐石区域内的抗日斗争仍同东北人民革命军呼应，曾两次将整编制的磐石游击队输送给东北人民军，杨靖宇先后三次派出二师师长曹国安和参谋长丁守龙回到磐石同磐石游击队一起战斗，巩固抗日根据地。1939年至1940年东北抗联第一路军由参谋长李兴绍带部  队奇袭松山镇的王小沟，魏拯民率部队攻打了松山镇的炮台山日伪军。

1935年，伪新京地方统治委员会日本宪兵队长斋滕美夫、石泉健一等特务头子坐镇磐石召开“现地讨伐共产党会议”。1月初，吉林日本宪兵伙同磐石伪警察对几个学校和教员家进行大搜查，共逮捕15名教育界人士，包括县教育股长、视学、中学训育主任、部分中小学校长，带到吉林警务厅，用尽了酷刑，一直到5月份才释放，一些人留下了终身残疾，有的出狱几天就死去。3月5日，日伪军警特倾巢出动，对吉海铁路特支和群众抗日组织进行了大搜捕，将吉海铁路特支第一支部书记李德、工会会长燕振亮、于景春等19人逮捕。3月7日又逮捕43人。9日到24日，先后8次又逮捕了109人，吉海铁路特支及抗日群众组织遭到彻底破坏。1935年3月，磐石中心县委转移到伊通县深山密林，并将磐南、磐西两区委合并为海龙区委，在伊通、东丰、西安（辽源）三县交界的山区建立了西安区委。1935年12月5日晨，在伊通团区委驻地李大房子密营开了一夜会议的县委书记金昌根、组织部长孙继来等遭到日伪军突袭，只有孙继来2人突围，金昌根、赵明信等牺牲。1936年7月13日至26日，日伪当局先后逮捕了王作文等6人，11月27日，又逮捕了27人，伊通区委遭到破坏。同日在磐西的草庙子、拐子炕、三棚砬子、马宗岭逮捕党员抗日群众40人，后又逮捕6人。海龙区委遭到破坏。在被捕的这些人中54人被杀害，在宝山乡的张四大沟一次杀害36人。

1937年1月23日，第五届磐石中心县委书记陈文彬和青年部长兼团县委书记宋明植在伊通县杂木沟被捕叛变。1937年1月27日，在伪新京日本宪兵队的统一指挥下，以3个地区的日本宪兵分遣队和分驻所为主开始了大搜捕。从1937年1月下旬到3月10日，在伊通区域内逮捕党团员抗日群众46人。在反“讨伐”战斗中，磐石游击队赵科长等4人牺牲。在磐石区域内，到3月18日，逮捕党团员反日会员及抗日群众29人。6月8日逮捕党团员及反日会长等9人。9月1日至3日，又在磐东官马咀子一带逮捕反日会长施清波等4人。前后共逮捕42人。在西安（辽源）区域内，从1937年1月末到4月19日，逮捕党员反日会员及抗日群众24人，连同前逮捕的4人，计28人。

这次大破坏，磐石、伊通、西安（辽源）3个区域共被逮捕120人，其中共产党员梁殿奎、吴海山，团员李富中，反日会长施清波等61人被杀害。 

从1935年3月至1937年底，日伪对中共磐石中心县委及所属组织进行多次大破坏，共逮捕和杀害党团员、工会会员、反日会员、游击队员、抗日群众350人，其中党员82人、团员25人、反日会员29人、反日妇女会员12人、工会会员21人、游击队员工4人、自卫队员4人、教师15人、抗日群众148人。

“九一八”事变后，中国共产党领导的抗日武装斗争，在东北抗联十一个军中，第一军一直在起着引领、示范、探索、影响的作用，从名称更迭，到组织结构、建制、纪律规则、军民关系、军政关系、后勤供给、信息情报、政治工作、士兵工作、文化建设、党的建设、统一战线等等，全部在中共中央和中共满洲省委的指示下，一步一步地先行示范、试点、探索、总结，形成经验，依次推开，从而展开了惊天地泣鬼神的东北浴血抗战。